Taman Nasional Kelimutu mulai ditunjuk oleh Departemen Kehutanan sebagai media konservasi alam mulai tahun 1992 dan secara administratif berada di tiga wilayah kecamatan, yaitu Kecamatan Wolowaru, Kecamatan Detsuko dan Kecamatan Ndona Kabupaten Ende, Propinsi Nusa Tenggara Timur. Luas wilayahnya mencapai 5.000 ha dan terdiri dari daerah yang bergelombang mulai ringan sampai berat dengan relief berbukit-bukit sampai bergunung-gunung. Puncak tertinggi wilayah ini adalah Gunung Kelibara yang berada 1.731 meter di atas permukaan laut.
